在傳統的國際貨運運輸中，托運人要從內陸各地用鐵路、公路等運輸方式將貨物集中到出口港，再通過與船公司的運輸合同裝船出運。貨物運到目的港卸船后，再通過鐵路、公路等運輸方式將貨物運到交貨地點。在貨物運輸的全過程中，各運輸區段的運輸批量、運輸線路和實際承運人的選擇，各段之間的銜接等運輸組織工作，都是由眾多的托運人獨立進行的。從總體來看，運輸組織是混亂的。由于各托運人托運貨物的批量較小，特別在內陸運輸中無法實現經濟規模。

隨著集裝箱運輸的發展和集裝箱運輸系統的建立和完善，與傳統的國際運輸相比較，集裝箱貨物的運輸無論在全程流通過程還是在運輸組織上都發生了革命性的變化。

在起運港內陸廣大地區的貨物，如是整箱貨，托運人可在自己的工廠和倉庫交給運輸經營人(門交接)，再由經營人負責運抵內陸集散站堆場；也可直接運到內陸堆場(中轉站、內陸貨站、辦理站堆場)交給運輸經營人(內陸CY交接)。如是拼箱貨，托運人將貨物運到各集散站的集裝箱貨運站，交給運輸經營人或其代理人，裝箱后轉到各內陸堆場。從內陸堆場到裝船港碼頭堆場的運輸，一般由各內陸集散點(站)統一組織。由于圍繞各集裝箱港口建立的集疏網絡具有多極結構，不同托運人托運的貨物，不同運輸經營人承運的貨物，從貨物交接點到港口碼頭堆場的集裝箱運輸過程，是多次集中、不斷擴大運輸批量的過程。這從根本上改變了傳統運輸中內陸運輸是零星、小批量和由各托運人獨立組織的局面，實現了統一組織，使內陸運輸達到經濟規模的效果。

在裝運港附近的貨物，如是整箱貨，托運人可在自己的工廠和倉庫交給運輸經營人，再由經營人負責運至港口碼頭堆場，也可由托運人直接運到碼頭堆場。如是拼箱貨，則由托運人將貨物運到碼頭FS交運輸經營人，經運輸經營人組織裝箱后轉到碼頭堆場。在集裝箱樞紐港周邊地區的衛星港，也可通過支線運輸將集裝箱運抵樞紐港碼頭堆場。這些貨物和內陸地區集運的貨物，在港口碼頭堆場上進一步集中，保證了海上干線運輸的規模經濟效果。

貨物經海上運輸到達卸貨港口，可以通過相反的過程疏運到最終交付貨物的地點。

從以上的集裝箱貨物流通與運輸組織過程來看，集裝箱運輸與傳統的貨物運輸有本質區別。首先在貨物集(疏)運過程中，分散在各地的小批量貨物應預先在內陸地區的集散點集中，組織一定批量后通過內陸、內河或支線運輸，采用集裝箱專列、船舶等大型的運輸工具，將其運往集裝箱碼頭堆場(或相反)，使集裝箱貨物運輸建立在大規模生產的基礎上。其次是集裝箱貨物的流通過程，體現了集裝箱運輸系統高度的整體性與組織性。通過上述組織形式的運輸，把集裝箱系統的各要素，把運輸全程中所涉及到的不同運輸方式，不同服務環節緊密地聯系為一個整體。在國際集裝箱運輸(多式聯運)過程中，從接受貨物地點到交付貨物地點的全程運輸，都是由集裝箱運輸經營人(多式聯運經營人)負責組織的，這也為集裝箱運輸高度的整體性與組織性打下了基礎。這種組織形式將使集裝箱運輸產生規模效益，最終保證了運輸總成本的降低